中国药科大学始建于1936年，原名国立药学专科学校（本科四年制）。1937年迁往汉口，1938年迁往重庆，1946年回迁南京。1950年更名为华东药学专科学校。1952年，齐鲁大学药学系和东吴大学药学专修科并入学校，成立华东药学院。1953年中南卫生专科学校药剂专修科并入学校。1956年更名为南京药学院。1986年与筹建中的南京中药学院合并，成立中国药科大学。1996年，成为国家211工程重点建设大学。2000年，学校由国家药品监督管理局整体划转教育部管理。2001年江苏省药科学校并入学校。