杭州医学院于2019年9月由原杭州医学院和浙江省医学科学院合并组建而成。原杭州医学院的前身为1925年创建的浙江省立女子产科学校，后历经浙江省立杭州高级医事职业学校、杭州卫生学校、杭州医学院（旧）、浙江省卫生学校、浙江医学高等专科学校等办学时期，2016年升格更名为杭州医学院。浙江省医学科学院创办于1928年，时为洪式闾私人集资创办的热带病研究所，后历经浙江卫生实验院、浙江医学科学院、浙江人民卫生实验院、浙江医学研究院，1988年更名为浙江省医学科学院。