医学微生物学未来发展方向有传染性疾病和感染性疾病的病原学研究，为疾病诊治提供病原学依据；深入开展病原微生物的生物学特性及治病机制研究，为开发新药提供理论基础；研制开发免疫原性更好、副作用更小的新药；研制特异、简单、快速的微生物学诊断方法及技术。医学微生物学是一门主要研究与人类疾病有关的病原微生物的形态、结构、代谢活动、遗传和变异、致病机理、机体的抗感染免疫、实验室诊断及特异性预防等有关的学科。